Im ersten Jahr der deutschen Besatzung waren rund die Hälfte der Gefangenen des Forts Juden. Von 1942 an wurden diese Internierten in die Dossin-Kaserne nach Mechelen transportiert und von dort aus in deutsche Vernichtungslager deportiert; Fort Breendonk diente von nun an hauptsächlich als Haftanstalt für politische Gefangene und Angehörige des belgischen Widerstands. Sie blieben im Schnitt drei Monate dort, bis zur ihrer Deportation in Konzentrationslager in Deutschland, dem ehemaligen Österreich und früheren polnischen Gebieten. Auch wenn es nur ein kleines Lager war, unterschied sich das Regime der Nationalsozialisten hier kaum von dem in deutschen Konzentrationslagern. Auch hier wurden Körper und Geist der Gefangenen durch Unterernährung und Zwangsarbeit zermürbt, und auch hier führte die permanente körperliche Grausamkeit zum Tod. Am 31. August 1944 räumten die Deutschen das Lager und transportierten ihre Gefangenen ins Lager Vught in den Niederlanden. Fünf Tage später übernahmen die britischen Befreier Fort Breendonk und nutzten es als Gefängnis für deutsche Kriegsgefangene und »unpatriotische Bürger«. 1947 beschloss das belgische Parlament die Gründung der Nationalen Gedenkstätte Fort Breendonk, wo heute jedes Jahr eine Wallfahrt zum Gedenken der Opfer stattfindet. Das Ausstellungsgelände wurde 2003 vollständig renoviert. Das Museum will nachfolgenden Generationen eine Botschaft der Toleranz, des Respekts und der Menschenrechte vermitteln.